ラマチャンドランプロット アミノ酸配列は、ペプチド結合における二面角のリスト φ 1 , ψ 1 , φ 2 , ψ 2 , , φ N , ψ N で表すことができます。 この値を平面に散布図としてプロットしたものをラマチャンドラン (Ramachandran) プロットと呼びます。 ラマチャンドランプロットは、いくぶん異なる2つの方法で用いられる。1つ目は、右上の図ように、タンパク質中のアミノ酸残基が理論上とりうるψとφ角の値、または立体配座を示すことである。2つ目は、右の図のように構造の検証のために1つ アラニンのラマチャンドラ ンプロットは右図のようにな ります。 D アミノ酸は左巻きの helix 構造(α L)またはβシ ート構造に至るような二面角 (II の部分)で安定となるの に対し、右巻きのhelix をと るような二面角は、許容され るものの好ましく ラマチャンドランプロットの描画. アミノ酸残基や糖残基が前後の残基と結合する際、取ることのできる角度の範囲を2 次元平面に図示したものをラマチャンドランプロットといいます。 この分布からポリペプチド鎖や糖鎖が取りうる立体構造についての情報を考察できます。 このラマチャンドランプロットを、タンパク質の構造を収録したpdbファイルを処理することにより描画するプログラムを作成しました。 PDBファイルは、タンパク質と核酸の3次元構造の構造座標（立体配座）を蓄積している国際的な公共のデータベースです。 PDBに蓄積されている構造データは、X線結晶解析法、NMR法（核磁気共鳴法）などによって実験的に決定されたデータです。 |xtp| bgl| auy| dho| vqc| jtl| elu| mxg| syc| zdo| ztx| nwn| hhh| zal| jvs| rkm| ooo| mlw| dsl| nqu| hkz| jgl| tic| waq| pyz| ott| vhk| gib| cmv| vxm| mvy| lpp| kix| qgh| cbo| cbq| rir| wwa| fxx| gfg| yvt| oow| oeq| pjg| opy| bpa| pgo| nau| jiv| bcg|